NCO

Pour voir l'entete d'un fichier NetCDF :

ncdump -h file.nc

Pour voir le temps dans un format de type DATE :

ncdump -v time -t toto.nc

Pour mettre les valeurs d'une variable dans un fichier texte :

ncdump -v var file1.nc   > valeurs_var   

Pour renommer la variable toto :

ncrename -v toto,titi toto.nc     

Pour renommer la dimension longitude :

ncrename -d longitude,lon toto.nc     

Extraction d'un mois d'un fichier NetCDF d'un an avec ncks :

ncks -d time,0,30 tos_Oday_20120101_20121231_GLORYS12v1_GLOBAL.nc tos_Oday_20120101_20120131_GLORYS12v1_GLOBAL.nc

Extraction :

ncks -d i,49 -d j,147 -v clo grid_source.nc

ncea -F -d time,1,1 FSENDOCN_model1_01.nc rst.nc

Pour mettre la variable torc.lon du fichier grids_vhr.nc dans grids.nc :  

ncks -A -h -v   torc.lon   grids_vhr.nc   grids.nc  

Pour mettre la variable FSENDATM a 0.0 dans un fichier NetCDF existant :

ncks -A -h -v   lmdz.srf   areas.nc    rst_atm.nc
ncrename -v lmdz.srf,FSENDATM rst_atm.nc
ncap2 -s 'FSENDATM[$y_lmdz,$x_lmdz]=0.0' rst_atm.nc rst_atm_new.nc

Pour modifier (m) ou effacer (d) la valeur d'un attribut :

ncatted -O -a units,${VAR_INI_FILE},m,c,"kg/kg" file.nc

ncatted -a _FillValue,bggd.cla,d,'','' grids.nc

ncatted -a _FillValue,bggd.clo,d,'','' grids.nc

 

----------------------------- A FAIRE              
ncks -A toto2.nc toto.nc                                                  ! copier le le fichier toto2.nc dans toto.nc
ncks -x -v var1,var2 toto.nc toto_new.nc                      ! remove var1 et var2 de toto.nc
ncap2 -O -h -s "tmaskglo=float(tmaskglo)" masks.nc masks_new.nc   ! pour changer la type la variable
ncwa -a level fich_in fich_out                                      ! pour moyenner selon la direction level et donc
                                                                                          ! faire disparaitre la dependance a cette variable
ncrcat filet1_t2.nc filet2_t3.nc filet1_t3.nc                 ! concatenation de fichiers: il faut le temps en                                                                                              unlimited
ncecat -v temperature file1.nc file2.nc output.nc      ! cree un dimension record pour concatener
ncecat -O -h $filename $filename                               ! ncecat permet de rajouter une dimension record                                                                                       (unlimited)

Published on  January 9th, 2020